Одной из самых важных систем классификации водных растений  является их классификация в зависимости от условий произрастания.

В соответствии с ней растения делят на шесть больших экологических групп:

1. Мохообразные, обитают на дне водоемов или у поверхности воды: виды, входящие в семейства родниковых (Fontinalaceae), риччиевых (Ricciaceae), гипновых (Hypnaceae) и другие виды.  За исключением света, вода дает этой группе растений все, что им нужно для жизни.
Эта группа растений имеет наиболее примитивное строение, что особенно характерно для печеночных мхов. Например, тело риччии плавающей (Riccia fluifans) не делится на стебли и листья, а имеет веточки толщиной до 1 мм, которыми разрастается, образуя слой печеночного мха (его иногда называют таллом). Однако многие виды мхов имеют разделение на стебли и листья.
Корней у мохообразных нет, и они прикрепляются к грунту или предметам подводного интерьера (камни, коряги, подводные скалы и др.) с помощью ризоидов: выростов эпидермиса.
Размножаются растения этой группы бесполым, половым и вегетативным способами.  Некоторые листостебельные мхи, например, достигающие поверхности водоемов, имеют на верхушке стеблей коробочки со спорами: яванский мох (Vesicularia dubyana). В целом, в естественных условиях у мхов половое размножение преобладает над бесполым.

2. Вторую экологическую группу представляют растения, не прикрепляющиеся к грунту или другим поверхностям: они свободно плавают в толще воды или на поверхности: виды семейства росянковых (Droseraceae), рясковых (Lemnaceae), пузырчатковых (Lenfibulariaceae), роголистниковых (Cerafophyllaceae) и других семейств.
Растения данной группы имеют мутовчатые, рассеченные листья и ветвистые стебли. У некоторых видов (рясковые) стебли отсутствуют вообще. Корней либо вообще нет, либо они развиты очень слабо.
В холодный период года многие растения опускаются на дно водоема и образуют особые зимующие почки.
Размножаются чаще всего вегетативным способом, редко — семенным.

3. Третья экологическая группа — свободно плавающие на поверхности воды растения: виды семейств сальвиниевых (Salviniaceae),  азолловых (Azollaceae), водокрасовых (Hydrocharifaceae), понтедериевых (Pontederiaceae) и другие виды.
В листьях и листоподобных стеблях и черешках растений этой группы имеются развитые воздухоносные полости и резервуары. У эйхорнии например, розетка листьев на поверхности воды имеет вздутые черешки, играющие роль поплавков. Некоторые из растений удерживаются на поверхности воды, благодаря особому «воздушному» строению листьев.
Поверхность листьев растений группы ворсистая или гладкая, покрыта специальным составом, с которого скатывается вода.  Корни — тонкие, мочковатые, широко разрастающиеся, могут и отсутствовать вообще.
Размножаются растения группы чаще всего вегетативно, реже — семенами или спорами.

4. Четвертая экологическая группа, пожалуй, наиболее распространенная в аквариумистике — это растения, укорененные в грунте биотопа, растущие и цветущие под водой и не связанные с воздушной средой: наяда например, хотя иногда они могут выносить на воздух стебли с цветками.

5. Пятая экологическая группа объединяет растения, укореняющиеся в грунте, но образующие листья, плавающие на поверхности воды, а также цветущие над водой: апоногетоноцветные, кувшинковые и др.
У многих растений этой группы обычно ползучие или клубневидные корневища, им очень нужен питательный субстрат для развития и размножения генеративным путем.

6. Шестая экологическая группа — это болотистые или прибрежные растения. Они укореняются в грунте водоема, но сильно возвышаются над водой: частуховые (Alismataceae), ароидные (Araceae), осоковые (Cyperaceae)  и другие виды.
Растения этой группы могут хорошо развиваться и вне воды, на сильно увлажненной почве и являются промежуточными группами между сухопутными и водными растениями. Обычно им необходим питательный субстрат.
Размножаются как вегетативно, так и генеративно.