Одним из важных факторов жизни водных растений является их дыхание.

В процессе дыхания они поглощают кислород, выделяют в воду углекислый газ,  а также получают энергию. Дыхание в жизни растений — не менее важный процесс, чем фотосинтез.
Водоемы насыщаются кислородом из воздуха, этот процесс идет особенно интенсивно при бурном движении воды: приливно-отливных течениях, перемешивании воды, шторме; а также кислород выделяется растениями в процессе фотосинтеза.

Один литр воды содержит в среднем 20 – 25 кубических см. растворенного воздуха, в котором кислорода не более 6 – 8 см. кубических. Если содержание растворенного кислорода падает до 0,3 – 0,5 см. кубических на 1 литр воды, то в водоеме погибает как высшая, так и низшая растительность.

В пресноводных и холодных водоемах газов растворено больше чем в теплых и солоноводных. Помимо всего прочего, газы поддерживают растения в вертикальном положении в воде. Если вода в водоеме резко теплеет, то в ней понижается растворимость газов, что может негативно сказаться на растениях.

Однако растения приспособлены к различным катаклизмам, например таким, как уменьшение количества кислорода в воде.
Листья и стебли многих водных растений поглощают воду вместе с растворенным кислородом всей своей поверхностью, благодаря специальному строению оболочек клеток.
Листья сильно расчленены, что опять же гарантирует большую площадь их соприкосновения с водой, а также развитие в органах растений воздушных протоков, по которым циркулирует воздух. Благодаря этой способности, корни многих водных растений служат лишь как органы прикрепления к грунту, либо баланса на водной поверхности (как например, у рясковых).

Однако не все водные растения могут поглощать воду с растворенным в ней кислородом  всей своей поверхностью. По этому показателю они делятся на три типа:

— растения, поглощающие воду в основном корневой системой: криптокорины;

— растения, поглощающие воду корнями и листьями: апоногетоны, эхинодорусы;

— растения, поглощающие воду только листьями (или на 80-90% листьями): перистолистник, элодея.

Дыхание дает растениям энергию, необходимую для таких процессов как рост, цветение, плодоношение. Дыхание клеток растений идет непрерывно: и днем, и ночью.