Сокращающиеся мышцы тела помогают рыбе передвигаться. Левые и правые мышцы поочередно сгибаются, меняя положение хвостового плавника: тело рыбы производит бросок вперед. Мышцы обеспечивают рыбе все многообразие движений тела, а также выделение тепла и электричества в организме рыбы.

Мышечная система рыбы состоит из мускул туловища, головы и плавников. Внутренние органы имеют свою мускулатуру.
Как и у всех позвоночных, мышечная система рыб связана со скелетом, с нервной системой (к каждому мышечному волокну подходит нервное волокно, и каждая мышца иннервируется нервом). Кроме нервов,  в соединительнотканной прослойке мышц имеются кровеносные и лимфатические сосуды.
Наиболее крупные мышцы рыб — большие тяжи, проходящие вдоль тела от головы до хвоста (большая боковая мышца — m. lateralis magnus).
Мышцы головы регулируют движения челюстного и жаберного аппаратов.
Плавники имеют свою мускулатуру, которая обычно сильно расчленена, что позволяет рыбе виртуозно управлять своими плавниками.

За годы эволюции  мышцы рыбы выработали оптимальный с точки зрения водной динамики рыбы баланс: основная масса мышц у большинства рыб находится в спинной части, что позволяет ей хорошо маневрировать в воде. Работа этих мышц координируется спинным мозгом и мозжечком.
У рыб есть поперечно-полосатые и гладкие мышцы. Поперечно-полосатые — это скелетные мышцы тела (туловищные) и мышцы сердца. Туловищные мышцы обычно быстро и сильно сокращаются. Гладкие мышцы  состоят из более коротких и параллельных волокон.
Волокна и мышцы делят на красные и белые, различающиеся цветом, составом: красные мышцы содержат больше жира, белые — влаги и белка. На цвет влияет наличие миоглобина — белка, быстро связывающего кислород. Белые мышцы работают при быстром движении, бросках, при медленном — красные. Преобладание красных или белых волокон (мышц) зависит от подвижности рыб: у «спринтеров»  почти исключительно белые волокна.
Но все же у рыб преобладают белые мышцы. У некоторых видов их доля достигает 96.3%.

Мышцы туловища — основа мышечной системы рыб.
Основные белки рыб: альбумины и глобулины (85%), всего же разные виды рыб имеют 4–7 фракций белков.
Химический состав мышц  (вода, жиры, белки, минеральные вещества) различен не только у разных видов, но и в разных частях тела. Также он зависит от самочувствия и питания рыб.

У рыб существуют и так называемые электрические органы, которые, по сути, являются видоизмененными мышцами.
Эти органы развиваются из зачатков поперечно-полосатой мускулатуры. Они находятся по бокам тела и состоят из большого количества мышечных пластинок (у электрического угря их около 6000), видоизмененных в электрические пластинки, «проложенные» соединительной тканью. Нижняя часть пластинки заряжена отрицательно, верхняя — положительно. Разряды идут от сигнала продолговатого мозга.
Электрические органы находятся в разных частях тела рыбы, например у ската морской лисицы — на хвосте, у электрического сома — на боках.
Создавая электрический ток и улавливая силовые линии, искаженные предметами, находящимися на пути рыбы, они ориентируются в воде, обнаруживают препятствия или добычу с нескольких метров, даже в непрозрачной воде. В таких условиях органы зрения рыбы не работают.

По наличию и мощи электрических органов рыбы делятся на три категории:

1. Сильно электрические виды: имеют крупные электрические органы, генерирующие разряды от 20 до 600 В. Применяют их для нападения и обороны: электрический угорь, электрический скат, электрический сом.

2. Слабоэлектрические виды: имеют небольшие электрические органы, генерирующие разряды напряжением менее 17 В. Применяют их для ориентации в воде и сигнализации об опасности своим сородичам:  многие мормириды, гимнотиды, некоторые скаты.

3. Неэлектрические виды: не имеют специализированных органов, но обладают электрической активностью. Генерируемые ими разряды имеют длину в  10–15 м в морской воде и до 2 м в пресной. Применяют их для локации, ориентации, сигнализации: ставрида, атерина, окунь и др.