В Африке водоемы получают воду главным образом от атмосферных осадков, и поэтому в период дождей они сильно разливаются.

Водоемы Африки обычно бедны минеральными солями и отличаются достаточно высокой жесткостью, за исключением зоны тропических лесов.

Западные районы Африки, особенно бассейн реки Нигер, имеют бурную водную и подводную растительность, да и в целом, это район труднопроходимых тропических джунглей. Вода в этих тропических лесах имеет много растворенных гумусных кислот, а также кислую реакцию рН: вплоть до 5 – 5,4.  Кроме того, вода там очень мягкая. Жесткость редко доходит до 2,5 единиц, держась в среднем на уровне 1,1 – 1,7 единиц. Вода обычно прозрачная.

Нигер — важнейшая река в Западной Африке, имеет в  длину 4 180 км. Площадь бассейна реки — 2 118 тыс. км, это третья по размерам в Африке после Нила и Конго река. Исток — Гвинейское нагорье, юго-восток Гвинеи. Устье — Атлантический океан. Площадь бассейна 2 117 700 км.
Нигер питается водами летних муссонных дождей. Паводок начинается в июне и у Бамако достигает максимума в сентябре — октябре.

В тропической Африке встречаются и водоемы с «черной водой». Вода в них чистая, но имеет коричневатый или черный окрас. Такие воды содержат большое количество органических кислот, и часто необитаемы, за что их и прозвали «черной водой». Эти водоемы подпитываются из подземных источников, и обычно исходят из болот. Глубина ила в них может достигать метра. Однако в сезон дождей, эти своеобразные болота наполняются вполне нормальной водой, и в них «закипает жизнь»: начинают бурно произрастать растения и плодиться рыбы.

Встречаются в Африке и биотопы с водой «молочного цвета». Жизни в них мало: обычно это небольшое количество растений-однолеток.

В так называемом Центральном Западе Африки водные артерии очень взаимосвязаны и часто пересекаются. Это объясняется строением рельефа: одни реки текут на север, вглубь континента, другие — на юг, к Атлантике; а также значительными приливами и отливами. Дельта Нигера и других рек Центрального Запада  Африки — это отдельный вид биотопа, с илистым грунтом и большим количеством водных и прибрежных растений.

Ввиду частичной схожести условий обитания гидробионтов из Западной Африки часто комбинируют с видами из Латинской Америки.

Реки южной части Африки представляют собой оазисы в саванне.
Они окружены зарослями кустов и деревьев, и часто возле них и кипит жизнь этого ареала, особенно ярко это проявляется в засушливый сезон. Однако воды этих рек различны по своим характеристикам, так как протекают через разные пласты земных пород, часто и через известняк. рН в них обычно 7 — 8, жесткость может достигать 14 градусов.
Дно в этих водоемах илистое или песчаное, редко — с галькой. Водных растений в таких водоемах достаточно мало.

Как на севере, так и на юге континента площадь водоемов сильно увеличивается в сезон дождей. В засушливый сезон вода отступает, но остается много временных озер, в которых произрастают водно-наземные растения. Эти озера тоже высыхают, и живущие в них гидробионты спасаются либо бегством в соседние водоемы (если такое возможно), либо приспосабливаются к условиям жизни без воды, но многие гидробионты погибают.

Водные растения как тропической, так и пустынно-саванной частей Африки в засушливый период возвышаются над водой и размножаются генеративным способом, когда же дожди сильно поднимают уровень воды, у них начинается вегетативный способ размножения.

Среди рыб, в первую очередь, африканские виды — это цихлиды. В водах африканских биотопов их обитает великое множество. Также водятся бедоции (Bedotia), афиосемионы (Aphyosemion) , нанностомусы (Nannostomus), конго (Phenacogrammus (Micralestes) interruptus).