Основными методами борьбы с водорослями являются следующие:

— химический метод борьбы,
— механические (биологические) методы борьбы: затемнение аквариума, внесение нитратов, частые подмены воды,
— рыбы-водорослееды,
— карантин на водоросли вновь поступающих гидробионтов и оборудования,

— фитофильтры.

Часто применяют комбинацию этих методов.

Химические методы борьбы с водорослями

Эти методы не устраняют причин появления водорослей: их питательную среду, и после проведения курса лечения водоросли могут разрастись из спор снова, поэтому химиотерапию проводят лишь, когда нужны быстрые результаты.

Перекись водорода помогает при сине-зеленых водорослях: не более 25 мл на 100 л 1 раз в сутки. Вносят в течение недели. Растения со слабыми и короткими листьями могут пострадать, жестколистным же растениям можно проводить даже ванны:  50-40 мл на 100 л  в течение полчаса-часа. Для рыб такой уровень перекиси безопасен.

Cульфат меди: подойдет химически чистый или чистый для анализа сульфат меди, из которого делают маточный раствор: 1 г меди на 1 л воды, при этом рыб удаляют, а затем вносят раствор в воду из расчета 1-10 мл на 1 л воды. После процедуры воду в аквариуме полностью меняют не менее 3 раз.
Препарат симазин в некоторых случаях эффективен, но может вызвать гибель кабомбы и валлиснерии.
Черная борода уничтожается ваннами с хлоркой: 5%-й раствор хлорки разводят в соотношении 1:20 с водой. Выдержка — две минуты, после чего растения  тщательно промывают проточной водой. Длинностебельные растения с мягкими листьями: элодея, кабомба могут не перенести такую процедуру — ее применение к ним под вопросом.
Антибиотиками борются с сине-зелеными водорослями.

Механические (биологические) методы борьбы

Особенно эффективны при борьбе с сине-зелеными водорослями (это колонии бактерий).

Сине-зеленые водоросли бурно разрастаются при низком уровне нитратов и слабой циркуляции воды. Поэтому первым делом доводят уровень нитратов до 20мг/л.
Затем проводят затемнение: удаляют механически наиболее крупные части водорослей (это можно делать, наматывая их на деревянную палочку), меняют до 50% воды, выключают свет и СО2, включают аэрацию и полностью накрывают биотоп на 3-4 суток, так, чтобы свет не проникал в него вообще (отменяют даже кормление рыб!)! Затем опять меняют до 30% воды, включают СО2, промывают губку фильтра (она не должна быть заилена) и поддерживают нитраты на необходимом уровне.

Помогает и УФ-стерилизатор.

В отличие от сине-зеленых водорослей черная борода и вьетнамка разрастаются при избытке органики в биотопе.
И здесь придется потратить много времени: возможно, несколько месяцев, на ее изведение. Необходимо будет чаще менять воду, удалять не съеденный корм, возможно, уменьшить количество рыб или завести рыб, подъедающих остатки со дна, уменьшить количество нитратов и фосфатов в воде, снизить ее жесткость. Также стоит подумать об улучшении роста растений: установка СО2, увеличение мощности света, внесение удобрений, посадка быстрорастущих растений.

Кратко этот достаточно действенный метод заключается в следующем: увеличение подмен воды (до одной трети емкости ежедневно), скорейшая посадка быстрорастущих растений, значительно уменьшение кормления рыб сухими кормами, освещение емкости не более 8 часов в сутки. Также обеспечивают достаточную аэрацию и фильтрацию (водоросли очень не любят, когда их беспокоят).

Рыбы-водорослееды

Некоторые рыбы с удовольствием поедают некоторые виды водорослей (но, к сожалению, не все! например, сине-зеленые водоросли не поедаются рыбами). Это: сомы, особенно анцитрусы, некормленые моллинезии, сиамские и китайские водорослееды, лабео, гиринохейлус (молодые экземпляры), стуризома, лабеотрофеус, трофеус, хелостома, пецилия, меченосец, гуппи.
Но здесь возможны и проблемы. Во-первых, нет достоверных данных о том, что тот или иной вид рыбы-водорослееда будет кушать все водоросли: считается, что сиамские водорослееды охотно поедают черную бороду, а китайские — зеленые водоросли, но на практике, это может быть и не так. Во-вторых, практически все эти виды рыб могут отказаться от поедания водорослей, как только поймут, что корм, который им кидают сверху, гораздо вкуснее. Даже принудительное голодание тут не всегда может помочь.

Поедают водоросли и некоторые виды креветок, например креветка Амано.

Карантин на водоросли

Карантинируют и новых рыб, и новые растения, так как рыбы могут нести споры водорослей в своем желудке, поэтому при карантине рыб им надо менять воду, чтобы удалить эти споры.
Карантин растений можно провести несколькими способами.
Оборудование в карантинном аквариуме также должно проходить дезинфекцию и быть строго закрепленным только за карантинным биотопом.