Водоросли и их споры попадают в аквариум вместе с кормом, рыбками, растениями. Споры водорослей передаются и по воздуху, если несколько биотопов стоят в одной комнате.
Разросшиеся водоросли в биотопе наносят ему серьезный ущерб.

Такой биотоп не эстетичен, и о наблюдении за подводной жизнью в этом случае можно забыть. Действительно, кому интересно будет смотреть на «нитевидные и бородовидные» заросли зеленого или бурого цвета? Если же снять крышку с такого биотопа, то помещение может наполниться ароматами болота.

Особенно опасен период запуска аквариума: в этот период водоросли и высшие растения борются между собой, кто из них возьмет верх. Обмен веществ у растений, переработка отходов бактериями еще не налажены, поэтому первую неделю-две рыбок и не заносят в биотоп.

Наносят водоросли вред и растениям в уже устоявшемся аквариуме: произрастая на листьях, они мешают растению производить обмен веществ с окружающей средой; произрастая на стеклах — затрудняют проникновение света к высшим растениям.

В природных водоемах разросшиеся в больших количествах волокнистые зеленые водоросли могут вызвать гибель мальков, запутавшихся в них.

Некоторые виды водорослей (особенно сине-зеленых) выделяют в воду вредные вещества, которые могут отравить рыб.
Сине-зеленые водоросли являются наиболее опасными! Они имеют сильный болотный запах и образуют слизистые колонии.
Умеренное количество зеленых водорослей не вредит биотопу, а некоторые их виды (хлорелла) могут даже являться кормом для рыбок.

Считается, что некоторое «плотное» количество зеленых водорослей защищает аквариум от разрастания гораздо более вредных сине-зеленых. Но и излишек зеленых водорослей в биотопе тоже очень вреден!
Диатомовые водоросли чаще всего разрастаются при нехватке света в биотопе. С ними справиться проще, чем с другими видами водорослей. Обычно для этого достаточно лишь увеличить и сделать более мощным световой день в емкости.

Очень многие виды водорослей могут вызвать цветение воды: наиболее часто это некоторые водоросли родов хламидомонада и осциллятория. Цветение повышает уровень содержания углекислоты, ядовитых продуктов распада. Эти процессы могут привести к гибели рыб и высших растений!

Расплодившись в огромных количествах, водоросли окрашивают воду в зеленый, желто-зеленый, кирпично-красный цвета.
«Цветению воды» способствует излишнее освещение (особенно плохо воздействие двух световых источников: искусственного и естественного света, поэтому чаще всего вода в биотопах цветет летом), а также цветение чаще начинается в жесткой воде.

Если вода начала «цвести», рыб удаляют, биотоп накрывают плотной темной бумагой на 2—3 дня, при этом обеспечивают достаточную фильтрацию и аэрацию. После чего фильтрацию отключают и запускают в аквариум дафний. Эти ракообразные питаются водорослями, и они хорошо очищают емкость от водорослей.

После проведения данной процедуры аквариум чистят: убирают со дна остатки погибших водорослей, растения промывают, запускают рыб.