Основные методы лечения в аквариумистике — это: лечение в общем аквариуме, в отдельном сосуде (карантинном аквариуме), а также индивидуальные примочки и кратковременные ванны.

Каждый из этих методов имеет свои преимущества и недостатки, а также целесообразность применения в тех или иных условиях, однако при любом виде лечения необходимо точно соблюдать методики приготовления лечебных растворов,  экспозиции и курс лечения, очередность пересадки рыб из одного сосуда в другой.
Помимо этого необходимо отслеживать точное соблюдение температурного режима, рН  и другие гидрохимические параметры, правильное питание рыб.
Лечение даст положительный результат только при точном соблюдении всех вышеупомянутых параметров.

В общем аквариуме рыб лечат при эпидемии, либо при заразном заболевании (большинство вирусных и бактериальных инфекций, многие паразитарные заболевания), когда внешне здоровые рыбы гарантированно являются носителем инфекций. Терапия в общем аквариуме характеризуется небольшой дозой лекарств и длительным курсом лечения: до месяца. Такая терапия в большинстве случаев дает положительный результат для рыб, однако она может серьезно повредить растениям, моллюскам, а также полезным бактериям в биотопе. Применять ее рекомендуют лишь в случаях эпидемии/угрозы эпидемии в аквариуме.
На практике в аквариумных хозяйствах очень часто отсутствует дополнительный карантинный аквариум, и лечение проводится всегда в общем биотопе. При этом после проведения курса терапии не делается никаких мер для восстановления полезных бактерий, что может вызвать дополнительные стрессы  у рыб.

Лечение в отдельном сосуде характеризуется большей дозой лекарственных препаратов, но незначительным промежутком времени: от нескольких минут до нескольких дней.
Это, пожалуй, самый лучший вариант лечения, при нем не страдает микрофлора, растения и простейшие в общем аквариуме, однако те заразные организмы, которые находились в общем аквариуме, конечно же, могут в дальнейшем  стать причиной новой вспышки заболевания. Поэтому применяют данный метод  лишь при заболеваниях, не представляющих угрозу серьезного распространения (паразитарные болезни с жизненным циклом развития паразита, гарантированно не осуществимым в условиях аквариума; болезни, вызванные резким падением иммунитета у той или иной рыбы). Надо признать, что таких болезней достаточно немного, и в большинстве случаев, если рыба заболела и ее лечат в отсаднике, то в общем аквариуме необходимо провести дезинфекцию, а также усилить иммунитет рыб и улучшить условия содержания.

Лечение рыб кратковременными ваннами лучше проводить при содержании их в карантинном аквариуме, в качестве усиленной меры воздействия на болезнетворные организмы.
Это самый действенный способ лечения, его можно сравнить с лечением человека мощными уколами, либо капельницами, наряду с таблетками и микстурами (карантинный аквариум), которые он принимает, лежа в больнице.
Концентрация лекарственных средств в таких ваннах очень мощная, и рыбу в них можно содержать — максимум, в течение нескольких десятков минут (при аэрации).
Очень часто лечебные ванны применяют при запущенном состоянии болезни, когда необходимы экстренные меры воздействия на паразитов. При проведении такой терапии необходимо очень внимательно следить за состоянием рыбы и немедленно отсадить ее в аквариум/уменьшить концентрацию лекарств, добавив воду, в случае ухудшения ее самочувствия.  При неправильной подготовке лечебной ванны рыба может умереть.

Данный метод очень серьезно воздействует на организм рыбы, и применять его можно лишь в случае острого заболевания, либо при запущенной форме болезни. Он хорошо помогает в борьбе с простейшими, сосальщиками, ракообразными, но не всегда себя оправдывает при инфекционных заболеваниях.

Примочки эффективны при поражениях ракообразными паразитами: лернеи, аргулюсы, при травмах и грибках.  Это несложный и эффективный метод лечения, но, однако и применяется он при не очень опасных с эпидемиологической точки зрения заболеваниях.

Существуют и другие виды лечения： ультрафиолетовое излучение, озонирование воды,  добавление в воду различных витаминных добавок и травяных настоек, добавление лекарства в корм, резкое изменение температурного режима и др.