У приобретенного на рынке или добытого трубочника следует обязательно освободить кишечник, потому что червь живет в сильно загрязненной органическими отходами воде, питается ядовитыми веществами, и несет в своем желудке большое количество условных патогенных бактерий, например из группы аэромонад. При скармливании рыбам может вызвать у них различные заболевания, например Кариофиллез.

Самый простой способ — это выдерживать трубочника в кювете в течение недели, и промывать воду каждый день, утром и вечером.

Также трубочника в течение 3-4 дней промывают под каплями проточной воды или хранят в кювете со слоем воды 0,5-1 см и температурой 5-10 градусов (например, в холодильнике), при этом промывая его не менее 4 раз в день, под струей воды из-под крана. При промывке воду сливают, пока она окончательно не посветлеет.

Существует и интенсивный метод очистки трубочника — за сутки. Червя помещают в кювету без воды и наливают 1-2 ложки кефира. Трубочник его съедает, очищая таким образом свой кишечник.

После очищения трубочника от  ила и слизи, его хранят в кювете, промывая два раза в день. Хранить можно и в стеклянной банке, в проточной воде. Банку можно закрыть марлей, и поставить ее в туалетный бачок (по некоторым рекомендациям — это лучший способ, так как трубочника лучше все же хранить в проточной воде).

Стоит все же отметить, что полностью обеззаражить трубочника невозможно. И кормление трубочником — это всегда определенный риск для владельца аквариума. В любом случае, начинать кормить  рыб трубочником можно только после проведения процедуры очищения червя, и подавать его рыбам понемногу.

Вместе с тем в ряде ситуаций трубочник незаменим. Это например, выкармливание мальков, карантин донных рыб, привыкших брать корм со дна, карантин истощенных рыб, кормление рыб с быстрым обменом веществ, но маленьким желудком и коротким пищеварительным трактом.

Рекомендуется следующий способ повышения питательности червей: на 5-7 день хранения червям добавляют комплексные витамины в порошках: ориентировочно 0,25 грамм на 100 грамм веса. Это ускорит очищение кишечника червей, и в целом будет полезно для рыб. Рекомендуется добавлять  витамины: A1, B1, E и гормоны.

Перед тем как кормить рыб, червей необходимо промыть в сачке. Затем их подают в кормушку с отверстиями или небольшими порциями кидают в  воду (кидать лучше пинцетом). Малькам дают резанный трубочник, обязательно тщательно промытый после нарезания. Для выращивания молоди рыб мелкопорезанный мелкий трубочник — это незаменимый корм.

Существует интересный способ отделения мелких червей  от крупных.

100 грамм червей кладут в трехлитровую банку и под напором подают в нее водопроводную воду. Вода отстаивается в течение 5 минут, затем верхняя ее часть сливается. Так делают несколько раз, пока вода не посветлеет. Далее банка снова заполняется под напором. Сразу же после заполнения крупные черви осаживаются на дно, а мелкие — остаются в толще воды. Вода сливается в пустую банку, а мелкий трубочник через 10 минут оседает  на дно. Операция проделывается еще несколько раз, пока вес мелкий трубочник не будет слит в отдельную банку.

Несъеденный трубочник в аквариуме зарывается в грунт и часто начинает размножаться.