Лечебные или кратковременные ванны для рыб гораздо эффективнее по сравнению с  лечением в общем аквариуме, так как в ваннах дозировка лекарства значительно больше. Однако поэтому и время пребывания рыбы в ванной очень небольшое: оно колеблется от нескольких минут до нескольких дней. Обычно лечебные сеансы в ваннах проводят рыбам один-два раза в сутки.

В качестве ванн применяют цельностеклянные сосуды различной формы и емкости:  их должно быть три. Концентрированная доза лекарства содержится только в первой склянке, остальные две служат для  омовения рыб от погибших паразитов, а также для постепенного возврата их к нормальной жизнедеятельности. Аквариумы с металлическим каркасом не всегда пригодны для такой терапии.

В склянке емкостью 200-250 мл тщательно разводят применяемое лекарство с дозой, рассчитанной на объем первого сосуда. В этот сосуд со свежей отстоявшейся водой выливают половину концентрированного лечебного раствора, приготовленного в склянке. В два других сосуда наливают свежую отстоявшуюся воду. Температура воды во всех трех сосудах должна быть такой же, как и в аквариуме с больными рыбами.
Больных рыб из аквариума запускают в первый сосуд с половиной лечебного раствора. Затем,  при постоянном перемешивании, в течение 4-5 минут в сосуд добавляют вторую половину лечебного раствора, включив слабую аэрацию.
Ввиду значительной концентрации лекарства, необходимо тщательно отслеживать состояние рыб в течение всей процедуры: если у рыб начинаются резкие скачкообразные движения или они переворачиваются на бок и в целом начинают вести себя неадекватно, добавление концентрированного раствора следует прекратить, либо же разбавить концентрацию раствора в емкости водой.
Затем рыб пересаживают во второй сосуд со свежей водой, где на протяжении 30 минут они избавляются от  убитых лечебным раствором паразитов. Далее рыб переводят в третий сосуд со слабой аэрацией.

Можно пойти и несколько другим путем:  весь концентрированный лечебный раствор переливают в первый сосуд и тщательно перемешивают. Принимая во внимание, что концентрация лечебного раствора может оказаться токсичной для рыб, в сосуд запускают несколько самых слабых и пораженных рыб (2-3 гидробионта). В случае нормального поведения этих экземпляров,  можно приступать к обработке всех остальных рыб.  Если же концентрация лечебного раствора окажется высокой, необходимо добавить в сосуд свежую воду. После окончания сеанса лечения рыб переводят во второй и третий сосуды.

Даже концентрированные лекарственные растворы не всегда убивают паразитов, обитающих на кожных покровах и жабрах рыб. Очень часто паразиты под воздействием лекарств постепенно покидают места локализации и опускаются на дно сосуда, но через некоторое время они снова могут быть способны нападать на рыб. Для того чтобы этого не случилось и предусмотрен второй сосуд: при пересадке происходит механическое избавление от оглушенных паразитов, а также паразиты отпадают от тела рыбы и опускаются на дно и в самом сосуде. Рыбы находятся в нем 30 минут, а затем их переводят в третий сосуд, где они живут до следующего сеанса лечения.
При переводе рыб из второго сосуда в третий происходит второе механическое очищение их от оглушенных паразитов.

Использованный медикаментозный препарат из первого сосуда и воду из второго утилизируют. Воду в третьем сосуде меняют перед каждым сеансом терапии. Молодые рыбы лечатся раствором, в среднем  в 1,5 – 2 раза менее концентрированным, чем взрослые.

Таким образом, при данном методе лечения рыбы бОльшую часть времени живут в третьем сосуде, где их необходимо кормить живыми кормами, а также хорошо аэрировать воду.

Рыбоводный инвентарь: кормушки, термометры, распылители и др. на протяжении всего лечения должен быть отдельным. По окончании  курса терапии его обеззараживают кипячением в течение 10 минут. Сачок трижды обрабатывают крутым кипятком после окончания каждого сеанса лечения. Сами ванны дезинфицируют после каждой процедуры.

Кратковременные ванны хорошо помогают при борьбе с простейшими: костия, хилодонелла, ихтиофтириус, оодиниум, триходина; моногенетическими сосальщиками: гиродактилюсы и дактилогирусы; ракообразными; а также пиявками. Также ванны эффективны в борьбе с дерматомикозами. Однако для лечения инфекционных болезней рыб они в большинстве случаев малоэффективны.