Паразитологический осмотр начинают с изучения кожных покровов рыбы: кожи, плавников, ротовой области.
Крупных паразитов: ракообразных, пиявок, нематод собирают пинцетом, фиксируют и определяют видовую принадлежность.
Для изучения более мелких эктопаразитов (жгутиконосцев, инфузорий, споровиков, сосальщиков и других) делают мазки с поверхности тела, а у крупных рыб — с нескольких участков: скальпелем соскабливают слизь с кожного покрова и плавников, кладут получившийся мазок на предметное стекло, с ранее нанесенными 2-3 каплями прокипяченной и остуженной воды. Стекло накрывают сверху покровным стеклом и изучают под лупой, а затем под микроскопом.

Для постановки точного диагноза и принятия решения о лечебных мерах, крупных паразитов (рачков, гельминтов) подсчитывают в абсолютных цифрах, а мелких (споровиков, инфузорий и других) — в относительных: подсчитывают число паразитов в десяти полях зрения микроскопа и определяют средние показатели.
Также важно определить экстенсивность и интенсивность заражения каждым паразитом в отдельности для каждого вида и возраста рыб. В сложных случаях неопределенных паразитов консервируют и отвозят в лабораторию.

После проведения анализа кожных соскобов, начинается исследование других органов и тканей рыб.

При подозрении на жаберных паразитов очень тщательно осматривают жабры.
У мертвых рыб вырезают жаберные дуги, зажимают между двумя предметными стеклами так, чтобы они стали прозрачными, и исследуют при малом увеличении микроскопа. Также делают соскоб с жаберных лепестков.
Мелкие паразиты: споровики, некоторые инфузории и другие могут находиться не на поверхности жаберных лепестков, поэтому предварительно бугорки жаберных дуг разрывают с помощью препаровальных игл.

Для точного диагностирования диплостоматоза необходимо исследовать глаза рыбы: их осматривают компрессорным методом (зажав между двумя стеклами), извлекают из глазных впадин, кладут на предметное стекло и вскрывают острыми ножницами с внутренней каудальной стороны. Затем зажимают исследуемый материал сверху еще одним стеклом, и изучают под микроскопом.

Для обнаружения паразитов в крови необходимо микроскопически исследовать мазок крови. Кровь лучше брать из сердца или хвостовой артерии.
На обезжиренное стекло,  для предотвращения свертывания и высыхания крови капают 1% -м раствором лимоннокислого натрия, края обмазывают вазелином, затем наносят мазок крови и покрывают сверху покровным стеклом и исследуют под микроскопом.

После вскрытия исследуют внутренние органы (при вскрытии можно не соблюдать стерильность).

В сердце может находиться возбудитель сангвиниколеза. Сердце кладут в бактериологическую чашу с физиологическим раствором, вскрывают его, промывают и исследуют под микроскопом  образовавшийся осадок.
Печень разрезают на части  и исследуют их компрессорным способом.
При осмотре желчного, мочевого и плавательного пузыря, их разрезают ножницами, делают соскоб с внутренней оболочки стенки пузыря, и  осматривают компрессорным методом.
Селезенку, почки, половые органы разрезают на части и исследуют, зажав между двумя предметными стеклами.
Пищевод, желудок и кишечник, освободив от жира и печени, расправляют и вскрывают ножницами, начиная с пищевода.
Далее их осматривают на наличие крупных гельминтов, которых извлекают и фиксируют, а также разрезают органы на мелкие части исследуют компрессорным методом под микроскопом, делают соскобы с внутренних стенок органов, исследованию подвергают и содержимое желудочно-кишечного тракта.

Компрессорным методом изучают и мышцы, головной и спинной мозг. В этих органах и тканях встречаются споровики.

Для точной диагностики паразитов применяют метод окраски и изучения окрашенных препаратов под микроскопом.