Аквариумист в состоянии определить характер заболевания: бактериальное, грибковое или паразитарное, хотя очень часто все эти три формы сопутствуют друг другу.

Например, подхватившая паразитарное заболевание рыбка очень быстро теряет иммунитет, и может легко подхватить еще и бактериальную инфекцию, в свою очередь, сопровождающуюся язвообразованием. На язвах образуются грибки и выделяют токсины, препятствующие заживлению ран. Слизь на очаге инфекции теряет свои бактерицидные свойства и становится неплохим субстратом для бактерий, особенно болезнетворных. Таким образом, совокупность данных болезнетворных микроорганизмов и создает очаг инфекции, на который ориентируется аквариумист в постановке запоздалого диагноза.

Инфекция может проникнуть и через рот и пищеварительный тракт, охватив весь организм. Однако и в этом случае может возникнуть внешний очаг заболевания.  Даже патогенные бактерии — это естественные обитатели воды, и они активизируются только при определенных обстоятельствах ухудшения окружающей среды или травмы рыбы.

Несмотря на то, что разглядеть бактерии в микроскоп бывает достаточно сложно, именно микроскоп — основное средство диагностики бактериальных инфекций.

При микроскопическом исследовании большинство паразитов заметны уже при стократном увеличении. Они видны  как быстро двигающиеся частицы.  Бактерии же бывает сложно увидеть даже при 500-кратном увеличении.

Поэтому общее правило диагностики бактериальных инфекций при микроскопическом исследовании следующее: при обнаружении быстро двигающихся объектов можно диагностировать инвазию, при отсутствии каких-либо данных  в микроскопе скорее всего перед Вами бактериальная инфекция.

Бактериальные инфекции очень разнообразны, и при их лечении применяют достаточно различные препараты.

Бактериальные инфекции лечатся антибиотиками, сульфамидами, нитрофуранами и другими препаратами. Не стоит рисковать и держать рыбу в солевых или марганцевых ваннах, так как часть бактерий все равно легко их перенесет. Ванны, УФ стерилизатор хороши как дополнение к антибиотикам.
Однако стоит помнить и о том, что антибиотики — это очень сильные средства, и применять их следует только при точной постановке диагноза.  Проведя курс лечения антибиотиками в течение 5-7 дней, его повторяют еще через неделю.

Применять антимикробные препараты рекомендуется в отдельном аквариуме, так как при применении их в общем биотопе происходит уничтожение не только вредных, болезнетворных бактерий, но и полезных, участвующих например, в азотном цикле, а также подавляется рост растений. Если нет аквариума-отсадника, то можно провести курс лечебных ванн с усиленной дозой антимикробных препаратов.

Если все же бактерицидный препарат применяется в общем аквариуме, то далее последует длительное восстановление культуры полезных бактерий, с частыми подменами воды (как альтернативой биофильтрации).

Длительное применение одного и того же, даже очень полезного антибиотика, может привести к привыканию к нему патогенных бактерий, и даже к включению его в «свой цикл развития».  Поэтому даже самые хорошие антибиотики нуждаются в периодической замене.

Лечение солями тяжелых металлов (сульфаты меди и цинка) следует проводить осторожно, они могут вызвать у рыб сильное слизеотделение, оставив животных беззащитными перед внешней средой.

Увеличение солености воды (на 2-5 процентов) помогает устранить небольшие инфекционные заболевания.

Неплохо зарекомендовал себя УФ стерилизатор: вылечивает многие болезни, без нанесения побочных эффектов рыбам и другим обитателям биотопа.

Вместе с лечением стоит устранить и возможную причину заболевания (перенаселенность, неправильное кормление, редкие подмены воды и пр.).  Лечение рыб без улучшения условий содержания биотопа (устранения возможных причин заболевания) малоэффективно, и приведет к тому, что болезнь может очень быстро вернуться назад.

Некоторые бактериальные инфекции: например,  микобактериозы,  могут передаваться человеку в виде локальных поражений кожи. Однако у человека это всегда будет лишь локальная ранка, легко устраняемая антисептическими средствами. Тем не менее при работе с аквариумом следует соблюдать меры предосторожности:  не работать с водой, имея на руках свежие ссадины, язвы,  не отсасывать воду ртом.

Самый лучший способ избежать бактериальных инфекций в биотопе — это профилактика. Правильно обустроенный биотоп, с отличными показателями гидрохимии, регулярно подменяемой водой, и здоровыми гидробионтами — залог того, что бактериальные заболевания никогда не побеспокоят обитателей аквариума.