При добавлении новых гидробионтов в аквариум карантин должны проходить не только рыбы и моллюски, но и растения. Обрабатывать растения необходимо при их первом размещении в биотопе и при обнаружении заболеваний рыб в нем, совместно с  проведением курса терапии для рыб.

Аквариумные растения часто являются переносчиками различных инфекций и инвазий, а также их цист и яиц.
Это очень опасно!
Пролечив рыб и проведя дезинфекцию аквариума, грунта, предметов интерьера и оборудования аквариумисту может показаться, что он полностью победил болезнь, но это не так!
Зародыши патогенных организмов сохраняются на аквариумных растениях, и могут там, например, войти в состояние цисты, в котором пребывают длительное время: до года, после чего выпадают в воду и начинают с новой силой размножаться.

Дезинфекция аквариумных растений — занятие непростое, так как они гораздо менее выносливы чем рыбы, и многие растения погибают уже от небольшой дозы различных антибиотиков и других препаратов.
В ряде случаев, все аквариумные растения необходимо уничтожить, так как уничтожить цисты и зародыши паразитов на них, без уничтожения самих растений, не удастся, что может быть очень неприятно для содержателя редких и дорогих видов аквариумных растений.
Вместе с тем, во многих случаях (триходиниоз, хилодонеллез, костиоз, оодинумоз  и др.) в обеззараживании растений нет необходимости вообще! Для уничтожения цист и зародышных форм паразитов достаточно на три недели удалить рыбу из биотопа  и поддерживать температуру не ниже 26 градусов, с поднятием до 33 градусов на трое-четверо суток, и паразиты погибнут не найдя хозяина. Для большинства же аквариумных растений такая температура неопасна.

Самый распространенный метод домашней «дезинфекции аквариумных  растений» и карантина вновь поступающих видов — это  промывка их под струей воды и размещение на период до нескольких суток в слабо концентрированном растворе перманганата калия и поваренной соли. Но такая обработка не уничтожает моногенетических сосальщиков и многих простейших.  Увеличение же концентрации лечебного раствора может привести к гибели растений.

Рекомендуемый к дезинфекции растений способ — обработка водной растительности антибиотиком бициллином-5 или пенициллином.  Действенная доза антибиотика безвредна для растений и показана к применению в следующих случаях:

— внесение новых видов растений в биотоп: в этом случае растения помещают на карантин;
— терапия следующих видов заболеваний:  микобактериоз, лепидортоз, язвенная болезнь, ихтиоспоридиоз, плавниковая гниль, дерматомикозы, ихтиофтириоз, хилодонеллез, костиоз, триходиниоз, оодинумоз, октомитоз, гиродактилез, дактилогироз; в этом случае антибиотики лучше вносить непосредственно в аквариум, чтобы уничтожить зародыши патогенных организмов, находящиеся как на растениях, так и в «свободном плавании» в воде, но можно и обработать растения в отдельной емкости, предварительно промыв их;

Дозировка препаратов:

— бициллин-5: 150000 ЕД на 10 литров воды;
— раствор пенициллина: 50 мг на 10 литров воды.

Срок обработки растений: одна – две недели.
Дезинфекцию проводят при температуре 24-26 градусов (можно и выше, в зависимости от вида растения). Дезинфицирующий раствор вносят раз в сутки, предварительно поменяв воду. В первые два часа сосуд затеняют, затем держат при обычном освещении.

При заболеваниях, вызываемых споровиками, например плистофорозе, глюгеатозе, узелковой болезни, дезинфекция водной растительности не дает результатов: защитная оболочка споры, закрепленного на растении паразита, предохраняет его от воздействия антибиотика. В этом случае все аквариумные растения уничтожают.

При проведении дезинфекции растений в отдельном сосуде необходимо следить за тем, чтобы лекарственный раствор был только свежеприготовленный, а растения были полностью погружены  в воду. В первые часы после внесения препарата сосуд затемняют (лучше вносить антибиотик на ночь). Солнечные лучи не должны попадать на емкость в течение всего периода дезинфекции. Температура должна быть не ниже 24-26 градусов.
Лекарство вносят в течение недели – двух ежедневно, полностью поменяв воду перед каждым последующим внесением.

Более радикальные методы дезинфекции растений (точных данных о том, что растения переживут такую дезинфекцию, нет)：

— перекись водорода: 5 мл 3%-й перекиси водорода на 10 литров воды, экспозиция — от 30 минут до 1 часа;

— 2%-й раствор уксуса: только для жестколистных растений, строго без обработки корней! Экспозиция: 10-15 минут.