Дезинфекция проводится в случае обнаружения в биотопе заразного заболевания, для недопущения его распространения и скорейшей его ликвидации.

Такие паразиты, как инфузории, жгутиконосцы, сосальщики, являющиеся причинами заболеваний: ихтиофтиридиоз, триходиниоз, хилодонеллёз, костиоз, оодиниоз, гексамитоз, криптобиоз, дактилогироз, гиродактилёз, оставшись без хозяина, живут в биотопе относительно недолгое время. Поэтому, если аквариумист уверен, что возбудителями были вышеперечисленные паразиты, то дезинфекция аквариума необязательна. В этом случае необходимо на 15 суток удалить рыб из сосуда, поменять воду, а затем на протяжении 12 дней поддерживать в аквариуме температуру 26-28 градусов, из них 3 дня — 32-33 градуса. Взрослые паразиты погибнут в первые три дня, а покрытые цистой, развившись через 3-12 дней, не найдут себе нового хозяина и погибнут через трое суток (температура 32-33 градуса их убьёт). По истечении указанного срока можно запускать рыбу обратно.

Но многие возбудители заразных болезней могут жить в аквариуме продолжительное время или оставаться на инвентаре в виде цист, яиц и т.п. В этих случаях аквариум, растения, грунт, инвентарь подлежат дезинфекции.

При дезинфекции аквариум обрабатывают дезинфицирующим раствором.

Фильтрующий материал, распылители, сачки кипятят в течение 10-15 минут. Нагреватели, термометры, шланги, корпус фильтра (имеется ввиду пластмассовый), резиновые присоски кипятить нельзя. Их также обрабатывают дезинфицирующими растворами. Распылители можно выдерживать в азотной кислоте на протяжении нескольких часов. Инвентарь обрабатывают мягкой щеткой, промывают несколько раз водой. Грунт аквариума кипятят в течение 30 минут или заменяют новым.

Дезинфицирующие растворы:

• 0,1 %-ный раствор перманганата калия;

• 3 %-ный раствор хлорамина;

• 4 %-ный раствор формалина;

• 5 %-ный раствор соляной или серной кислоты;

• 5 %-ный раствор хлорной извести.

Порядок проведения дезинфекции аквариума следующий: рыб, растения, моллюсков и других гидробионтов удаляют из биотопа (они подвергаются отдельной специальной обработке, например, рыбы — карантированию); cосуд заливают раствором до краёв на одни сутки, на следующие сутки раствор выливают и тщательно промывают несколько раз чистой водой.  После этого запуск биотопа производится заново.

При микобактериозе применять кислотные препараты бесполезно, так как бактерии на них не реагируют. Для дезинфекции при данном заболевании применяют стиральные порошки (450 г порошка на 30-40 литров воды). В этом же растворе промывают и инвентарь. После дезинфекции все предметы несколько раз тщательно промывают тёплой водой и ополаскивают, затем в сосуд наливают воду,  оставляют её на несколько дней, потом опять выливают и на этот раз заливают окончательно.

При микобактериозе аквариум и инвентарь можно также дезинфицировать 5 %-ным раствором хлорной извести или 3%-ным раствором хлорамина: в аквариум заливают 1 литр раствора и смоченной в нём тряпкой несколько раз в день тщательно протирают внутренние и внешние стенки и углы. После этого аквариум несколько раз прополаскивают, засыпают грунт и заливают свежей, отстоявшейся водой, производят посадку растений и через несколько дней запускают рыб.

Для дезинфекции можно применять и озонирование воды или облучение её бактерицидной лампой на протяжении 15-20 минут.

Растения, если они не подлежат уничтожению,  помещают в раствор пенициллина (50 мг на 10 литров воды). Также можно использовать раствор бициллина-5 из расчёта 150000 ЕД на 10 литров воды. Дезинфекцию предварительно промытых растений проводят в емкости с водой при температуре 24-26 градусов (можно выше, в зависимости от вида растения) в течение 5-6 дней (до двух недель). Дезинфицирующий раствор вносят раз в сутки, предварительно поменяв воду. В первые два часа сосуд затеняют, затем держат при обычном освещении.

При некоторых болезнях (в основном, вызываемых споровиками, например, при плистофорозе, глюгеатозе, узелковой болезни, возбудители которых могут находиться в стадии покоя в виде спор, защищённых оболочкой) дезинфекция аквариума и водной растительности не дает результатов. В этом случае растения уничтожают.

Очевидно, что дезинфекция аквариума — весьма трудоемкая операция.
На практике, даже опытные аквариумисты применяют ее довольно нечасто: в основном, в случае массовой эпидемии. Поэтому самый лучший способ — это не допустить начала в биотопе заразного заболевания, что достигается карантированием вновь прибывших гидробионтов, профилактикой болезней в аквариуме,  тщательным выбором и обработкой корма (живого), правильным уходом, ежедневным осмотром и выбраковкой рыб с подозрением на болезни и др.