Мочеполовая система рыб представлена органами мочевыделительной и репродуктивной систем. Органы этих двух систем тесно связаны между собой, поэтому их часто описывают вместе, хотя выделительные и половые каналы у рыб разделены.

К данным органам относятся: почки, половые железы (гонады), выводные протоки и наружные мочевыводящие и половые органы.

Почки у рыб обычно парные, состоящие из тёмно–красных тел лентовидной формы. Почки расположены почти вдоль всей  полости тела и плотно прижаты к позвоночнику. Внутри почки находится мочевой канал,  пронизанный капиллярами. Почка отфильтровывает из крови продукты распада, затем они попадают в этот канал, а кровь выходит из почек уже очищенная.
Кроме этого почки поддерживают и физико-химическую устойчивость организма: осмотическое давление и кислотно-щелочное, ионное равновесие.
Почки морских рыб задерживают воду; пресноводных — наоборот, откачивают ее из организма. Поэтому объем мочи у пресноводных рыб в 10 раз больше чем у морских. Колюшка сооружает место для нереста из растений, укрепляя их с помощью почечного секрета, быстро затвердевающего в воде.

Продукты распада из мочевого канала попадают в мочевой пузырь и выводятся наружу через мочеточник. Однако у некоторых рыб мочеточник выходит в анальное отверстие, из которого моча уже и выводится наружу. Кроме того, встречаются и виды рыб, у которых мочеточник выполняет одновременно и функцию семяпровода при размножении.

Оплодотворение у рыб может быть как внутренним (при помощи копулятивных органов), так и внешним: выметывание икры.

Гонады (семенники и яичники) рыб — это обычно парные лентовидные или мешковидные образования,  подвешенные на складках брюшины: брыжейке, в полости тела рыбы.
По форме, гонады могут быть разными, например, у некоторых видов встречаются полностью слитые в одну железу (например, окунь), ассиметричные парные гонады. Встречаются и виды с одиночными (непарными) гонадами (карась серебряный).

Половой орган самок рыб — яичники. В них созревает и скапливается икра.
Яичники рыбы сливаются с яйцеводом (мюллеровым каналом), который выводит икру наружу. Некоторые виды (корюшковые, лососёвые, угрёвые) имеют незамкнутые яичники, и созревшие икринки попадают в полость тела, после чего через специальные каналы выводятся из организма. У живородящих рыб молодь развивается в яичниках.

Половой орган самцов рыб — семенник. В нем созревает и накапливается сперма. Наружу она выходит через семяпровод (вольфов канал) и половое отверстие (у самцов щуки, лососей), а у некоторых видов и через мочеполовое отверстие (у самцов большинства костистых рыб).

Строение и функции половых протоков, как и гонад, у разных видов рыб может быть разным.

По мере роста и полового созревания рыбы меняются размеры и внешний вид гонад.

Существует шкала зрелости гонад, пользуясь которой по внешним признакам (размерам и внешнему виду), устанавливают стадию созревания половых продуктов рыбы. Это очень важно при промышленном, декоративном и научном разведении рыбы.

Существуют и рыбы с принципиально иным строением мочеполовой системы — это например рыбы-гермафродиты (морской окунь).