Лечение рыб антибиотиками — эффективный метод борьбы с патогенными микроорганизмами, однако данный метод требует понимания общей структуры жизнедеятельности биотопа: неправильное и бесконтрольное применение антибиотиков уничтожает все бактерии в аквариуме и вредные, и полезные, что может вызвать шок у рыб, и даже привести к их гибели.

Антибиотики подавляют и уничтожают бактерии, а некоторые из них — и грибки, но совершено не воздействуют на вирусы! Вирусы лечат другими препаратами.
Поражают антибиотики и растительные клетки, поэтому если в биотопе есть редкие и дорогие растения, то применение многих антибиотиков будет необоснованным.

В любом аквариуме есть как полезные, так и потенциально-патогенные и патогенные бактерии.
Полезные бактерии участвуют в азотном цикле (бактерии-нитрификаторы): перерабатывают органические отходы в аммиак, затем в нитриты и нитраты, поддерживая, таким образом, биологическое равновесие. Также полезные бактерии уничтожают мертвую органику (бактерии-деструкторы). Есть еще бактерии, уничтожающие водоросли, частицы ила и др.
Потенциально-патогенные бактерии существуют в симбиозе с гидробионтами, но при определенных условиях (ослабление иммунитета гидробионтов, вызванное разными причинами) начинают усиленно размножаться, превращаясь в патогенные бактерии, и вызывая у рыбы заболевание. Изначально патогенные бактерии, также как и потенциально-патогенные, могут быть и неопасными для рыб, в зависимости от их количества, но если аквариумист не следит за своим биотопом, то эти бактерии становятся очень агрессивными, и рыба, опять же, заболевает.

Внесение антибиотика в воду коренным образом меняет структуру жизнедеятельности биотопа, подавляя многие бактерии в нем, и прекращая биофильтрацию. Уничтожение полезных бактерий резко меняет многие параметры воды, вызывает у рыб отравление продуктами разложения бактерий, которое может произойти буквально за несколько часов, и рыба может умереть.
Именно поэтому проводить терапию антибиотиками настоятельно рекомендуется только в специальном  отсаднике (без грунта, яркого света и растений).

В общем аквариуме или в отсаднике, проводя лечение антибиотиками, необходимо соблюдать некоторые правила.

Вода должна хорошо аэрироваться, кормить рыб необходимо меньше обычного, а если есть такая возможность, то не кормить вообще (если лечение проходит в отсаднике, и его курс менее недели, то можно обойтись и без корма!).  Необходимо увеличить количество и объем подменяемой воды: лучше менять воду ежедневно, до 50% объема, но не реже одного раза в четыре дня! Свет не должен быть ярким: если лампа яркая, то под нее необходимо положить «рассеиватель света»: яркий свет негативно влияет на антибиотики в воде.
Проводя лечение, важно исключить стресс-факторы: перепады температуры, лечение рыб в воде, отличной по параметрам гидрохимии от воды, в которой они содержались до этого, транспортировка рыб и т.д.

Особое внимание необходимо уделить фильтрации:  антибиотик уничтожит очень многие полезные бактерии в аквариуме, в том числе и находящиеся в «рассаднике полезных бактерий»: губке фильтра! Тем не менее, в биотопе с проводящимся лечением антибиотиками, должна быть обязательно организована фильтрация!
На период лечения из фильтра удаляют уголь, однако после лечения его можно туда добавить, чтобы он удалил ненужные остатки лекарства (обычно уголь выводит эти остатки за 2-3 дня).

Малотоксичные для рыб антибиотики: канамицин, ципрофлоксацин и метронидазол вносятся в полной дозировке сразу после подмены воды.
Более сильные препараты: фуразолидон, нистатин, левомицетин, эритромицин и др. следует вносить в строгом соответствии с дозировкой: их передозировка может вызвать смерть рыб.
Часто перед внесением делают маточный раствор (растворяют препарат в 100 – 200 граммах воды), а маточный раствор уже вносят в биотоп. Но вносить необходимо только свежеприготовленный (не более 1 часа назад) маточный раствор. Нельзя лечить сразу несколькими видами антибиотиков: все они плохо сочетаются друг с другом, и для лечения выбирают какой-либо один вид.

Очень часто после лечения антибиотиками, аквариум приходится перезапускать.
Существуют и другие способы введения рыбам антибиотика: инъекции шприцем, орально: антибиотик вводят в корм, связывая его с кормом рыбьим жиром или маслом канолы.