Озонирование — один из эффективных способов дезинфекции воды и удаления из нее патогенных микроорганизмов, в том числе и таких мелких и труднопобедимых, как например, вирусы.

По результатам своего воздействия озонатор напоминает УФ-стерилизатор, с той лишь разницей, что озонирование проходит примерно в 5 раз эффективней уф-стерилизации, однако эффект от озонирования происходит за счет  окисления озона, а не за счет воздействия лучами уф-диапазона.
Обладая большой окислительной способностью, озонатор эффективно борется и с накоплениями аммония, нитрита и плохо-перегнивающих биологических остатков на дне аквариума.

Озон  разрушает бактериальные протеины  посредством диффузии через мембрану клетки в цитоплазму с последующим поражением жизненных центров бактерий.
Озон — сильный окислитель, способен уничтожить в воде патогенных простейших: вирусы, бактерии, грибки, жгутиковых, споровиков, инфузорий ихтиофтириус и других простейших, если они находятся в свободном плавании. При сильной же концентрации от 500 до 1500 мг озона на 1 тонну воды, уничтожаются все бактерии: и полезные, и вредные.

Воздействие озонирования на воду можно сравнить с хлорированием воды, однако после распада молекулы озона (атомы кислорода в ней очень слабо связаны), в воде остается только кислород, не меняющий рН, и в целом, химический состав воды.

Озон вполне применим для дезинфекции биотопа, нерестилища, живого корма, растений, лечения некоторых болезней рыб, улучшения качества воды, борьбы с водорослями.
Растения дезинфицируют, погружая их на 20-30 минут в свеже-озонированную воду:  приготовленную в отдельном сосуде, с продуванием  ее не менее часа озоном.
Живой корм необходимо поместить в свеже-озонированную воду на 10-15 минут перед скармливанием рыбам. Сразу после покупки живой корм в целях дезинфекции можно обработать озоном в течение часа.

Но следует быть осторожным! Избыточный озон в воде способен выжечь в ней все живое!
В этом и состоит практическое отличие озонирования от уф-стерилизации: уф-стерилизатор работает по принципу «подключил и забыл», дозу и время работы же озонатора необходимо четко контролировать, ввиду его огромной разрушающей способности.