Для определения видовой принадлежности паразитов рыб можно применить методы окраски. Паразитов кладут на предметное стекло, окрашивают специальными растворами и изучают под микроскопом. При этом, определенные паразиты окрашиваются в определенные цвета.

Данный метод требует некоторого опыта в работе с лабораторным оборудованием, но в целом, он несложен и доступен широкому кругу любителей, вместе с тем, он позволяет увидеть под микроскопом ярко окрашенных мелких паразитов рыб и точно их диагностировать, хорошо разглядеть их форму и расположение жгутиков, способность принимать тот или иной цвет по отношению к внешней окраске, споро- и капсулообразование.

Мазки крови с предполагаемыми паразитами окрашивают азурэозином методом Романовского-Гимза: 0,8 г азура II, 0,8 г эозина, 250 мл химически чистого глицерина и 250 мл абсолютного спирта или метиленовой синью методом Машковского: 1 г метиленовой сини и 2,5 г буры растворяют в 100 мл горячей воды.
Смесь готовят следующим образом: приобретенную краску Романовского разводят в дистиллированной воде: 2-3 капли на 1 мл нейтральной дистиллированной воды.
Краску Романовского можно сделать и самому:  1 г азура II растворяют в 1 л прокипяченной дистиллированной воды (раствор № 1) и 1 г эозина — в 1 л воды (раствор № 2). Оба раствора хранятся раздельно.

Перед исследованием, на 1 мл нейтральной дистиллированной воды прибавляют по две капли каждого раствора. Продолжительность реакции: 20-40 минут, эритроциты окрашиваются в красный или розовый цвет, протоплазма паразитов и лейкоцитов — в синий, ядра паразитов — в красный, а лейкоцитов — в  фиолетовый.

Для обработки мазка крови также применим раствор метиленовой сини, предварительно разведенный дистиллированной водой в соотношении 1:10. Мазок держат в метиленовой сини в течение 30 секунд, потом промывают водой и выдерживают несколько секунд в 5-10%-м водном растворе танина. Раствор дает следующие окрасы: эритроциты окрашиваются в красновато-фиолетовые краски, протоплазма простейших кровепаразитов — в ярко-голубые, ядра лейкоцитов — в фиолетовые.
Этими способами устанавливают, например, паразитических жгутиконосцев.

Паразитических инфузорий выявляют окраской железным гематоксилином по Гейденгайну:  протрава 2-2,5%-ным раствором сернокислых железо-аммиачных квасцов — 1-2 часа, окраска их 1 % -ным спиртовым раствором гематоксилина в течение нескольких часов и дифференциация 1%-ным раствором  в течение 5-10 минут. Также  инфузорий окрашивают  гематоксилином Делафильда или квасцовым кармином.

Паразитических жгутиконосцев выявляют окрасом железным гематоксилином или по Романовскому-Гимза.

Слизистых споровиков выявляют, окрасив 1 %-м водным раствором метиленовой сини в течение 30-60 минут, после этого препарат промывают в воде, пропускают через спирты возрастающей крепости (70, 80, 96%-ный и абсолютный) и просветляют ксилолом.

Трематод и цестод диагностируют раствором квасцового кармина.
Перед проведением окраски зафиксированных в спирте гельминтов необходимо промыть в течение нескольких часов в проточной или часто сменяемой воде, а потом окрашивать от 1 минуты до нескольких часов, в зависимости от размеров гельминтов.
После этого окрашенных паразитов кладут в дистиллированную воду и несколько минут  промывают от краски, далее их сушат фильтровальной бумагой и проводят через спирты возрастающей крепости (70,80, 96%), вымачивая в них по несколько часов. Обезвоженных паразитов просветляют гвоздичным маслом и ксилолом.

Кроме этого цестод и трематод окрашивают гематеином Майера: 1 г гематеина растворяют в 1 л дистиллированной воды, затем добавляют 0,2 г йодноватокислого натрия /50 г калийных квасцов; молочнокислым кармином по Блажину (особенно мелких цестод).
Раствор гематеина имеет два способа окраски: 30 минут, и в течение 24 часов. При окраске в течении 24 часов для дифференциации препарат обрабатывают в 1%-м солянокислом спирте с последующим отмыванием краски в проточной воде в течение 20-30 минут.

При окраске мелких цестод молочнокислым кармином по Блажину молочную кислоту разводят вдвое дистиллированной водой, разбавляют ее небольшим количеством кармина (в зависимости от желаемой степени окраски) и кипятят.
Красить лучше только что извлеченных нефиксированных гельминтов. Окрашенных червей промывают в течение 20-60 минут водопроводной водой и помещают в бальзам.

Для определения крупных цестод этот способ несколько изменен.
Цестод сутки промывают в проточной или часто сменяемой водопроводной воде при комнатной температуре,  а затем кладут на 4-6 часов в краску (0,3 г кармина на 100 мл молочной кислоты), изучая их под микроскопом, после чего их сутки  выдерживают в дистиллированной воде, с добавлением в нее трех капель раствора сернокислого железа и двух капель 1 %-го раствора карболовой кислоты.
Далее цестод кладут на чистое большое стекло и высушивают при температуре 37 °С (не выше, иначе черви потеряют форму). Высохший, очень сильно присохший к стеклу препарат заливается канадским бальзамом или канифолью, растворенной в смеси из одинаковых частей хлороформа и абсолютного спирта.

Фиксированных ракообразных изучают в той же жидкости, в которой и хранят, их можно и не красить. Иногда их окрашивают борным кармином, эозином, сафранином.