Лечение рыб в общем аквариуме — на практике, самый распространенный метод лечения, так как большинство любителей редко покупают аквариум-отсадник или готовят своим питомцам лечебные ванны.

Основное достоинство этого метода состоит в его доступности и несложности, а также в том, что при лечении пролечиваются все рыбы и гидробионты, дезинфицируется  среда в биотопе и нет необходимости отлавливать больных рыб, что может вызвать у них стресс.

Действительно, что может быть проще, чем просто добавить лекарство в воду, при том, что все болезнетворные микроорганизмы и их цисты в воде будут также уничтожены (в случае отсадки рыб, они могут и сохраниться в воде, вызвав потом новую вспышку заболевания), а здоровые рыбы пройдут карантин от болезни. Единственно верным является данный метод и при эпидемиях в биотопе (чего в принципе нежелательно допускать).  Из достоинства вытекает и недостаток метода: вместе с  вредными могут погибнуть и полезные микроорганизмы, а также могут серьезно пострадать аквариумные растения, простейшие, ракообразные и вообще все здоровые и полезные обитатели биотопа. Это вызывает необходимость внесения слабой дозы лекарства в воду. В свою очередь, все это может привести к тому, что рыбы  не получат необходимую им дозу лекарства, и болезнь лишь затухнет, с возможностью через некоторое время вспыхнуть вновь.
В любом случае следует следить за тем, чтобы концентрация лекарственного препарата не была опасной для рыб (для растений этого  удается добиться не всегда).

Поэтому данный метод лучше применять, если лекарства не нанесут урона аквариумным гидробионтам, а также при необходимости пролечивать всех рыб в аквариуме и дезинфицировать воду. При этом важно, чтобы в течение всего курса лечения все рыбы, грунт и растения оставались в аквариуме.
Продолжительность курса зависит от возбудителя болезни, степени зараженности биотопа, иммунитета рыб: как правило, курс лечения составляет одну неделю – месяц, при некоторых заболеваниях терапию проводят повторно через две-три недели после проведения первого курса процедур.

Суть метода состоит в добавлении в аквариум лечебного раствора, а затем в биотопе не меняют воду в течение 3-7 дней.

Лечебный раствор делается следующим образом: в стеклянном стакане емкостью 200-250 мл тщательно растворяют и размешивают лекарственный препарат (воду лучше брать из аквариума), в точном соответствии с его дозировкой на объем аквариума. Далее концентрированный раствор постепенно, равными долями, в три приема с интервалом в 30 минут, переливают в аквариум из стеклянной емкости, перемешивая при этом воду: для лучшего перемешивания лекарственный раствор можно вливать в поток, идущий из фильтра. При этом важно, чтобы раствор хорошо перемешался по разным слоям воды: для этого можно усилить аэрацию. Усиление аэрации при лечении — это в любом случае хорошо, так как очень часто рыбы испытывают недостаток кислорода при болезнях, а также некоторые лекарственные препараты и повышение температуры, часто сопровождающее лечебную терапию, уменьшают содержание кислорода в воде. Нельзя заливать весь лечебный раствор в воду аквариума сразу! Раствор должен всегда быть только свежеприготовленным!

Дозу лекарства следует рассчитывать на реальный объем воды в биотопе: без учета объема грунта и декораций. В течение всего курса лечения категорически нельзя добавлять в воду кондиционеры и различные химические препараты, так как они могут свести на нет весь эффект от лекарств. В случае если доза лекарства превышена: рыбы начинают неадекватно себя вести, двигаются скачкообразно, жадно захватывают кислород, теряют пространственную ориентацию, следует поменять воду в аквариуме и внести лекарство в меньшей концентрации.

При лечении медикаментозными препаратами из фильтров удаляют активированный уголь и его заменители, потому что они сильно снижают активность лекарственных препаратов. Работающий биофильтр будет поглощать или видоизменять медикаменты, а также лекарственные препараты могут оказаться очень опасными для биофильтрации.

После проведения терапии лекарство удаляют путем многократной частичной подмены воды или с помощью химической фильтрации, через активированный уголь. Впитавший в себя медикаментозные препараты уголь следует утилизировать, так как уголь иногда начинает выделять в воду поглощенные ранее вещества.